På 15-årsdagen rømmer Kafka Tamura hjemmefra. Han vil vekk fra den iskalde faren sin og den foruroligende ødipale spådommen som alltid har forfulgt ham. Men Kafka bærer også på håpet om å finne moren og søsteren, som forsvant elleve år tidligere. I byen Takamatsu slår han seg ned i et lite privat bibliotek, der han blir kjent med den androgyne Oshima og den gåtefulle kvinnelige bestyreren. Og her får han hjelp da politiet tar opp jakten på ham etter en blodig hendelse. Nakata er også på flukt fra politiet. Etter en mystisk ulykke som barn har Nakata kunnet snakke med katter, og det er da han må lete etter en forsvunnet katt at han får blod på hendene og må legge ut på reise. Trådene i Kafkas og Nakatas liv veves sammen.