Tjue år gamle Kenji har spesialisert seg på å guide utlendinger rundt i Tokyos sexdistrikter. En dag får han den overvektige og tilsynelatende joviale amerikaneren Frank som kunde, men merker raskt at det er noe som skurrer. Uten å kunne sette fingeren på hvorfor, får Kenji en ubehagelig følelse av at Frank kan ha noe med drapet på en ung jente i strøket å gjøre. Men han er fanget i garnet, og finner ingen måte å trekke seg fra jobben på uten å sette både seg selv og kjæresten i fare.

I misosuppen er et intenst, rått medrivende og mørkt humoristisk dypdykk i en side ved det moderne japanske samfunnet og den menneskelige psyken vi sjelden har sett maken til. Vi følger med Kenji på et berg-og-dalbaneritt gjennom Tokyos neonopplyste bakgater, i selskap med den isnende uforglemmelige Frank, der volden stadig lurer rundt hjørnene, men utfallet aldri er gitt.